在绿色发展的时代背景下，绿色创新是高技术产业的重要特征，政府支持是高技术产业进行绿色创新活动的重要支撑。由于以往研究对于政府支持与绿色创新效率之间的作用关系存在争议，且缺乏相关的地区差异性及其作用机制研究。针对以上不足，本文基于中国高技术产业省级面板数据，首先利用DEA模型测算出2009—2020年我国28个省、自治区、直辖市的绿色创新效率，并运用全局莫兰指数检验高技术产业绿色创新效率的空间自相关性；其次，通过选取混合固定效应空间滞后模型开展了政府支持对高技术产业绿色创新效率的影响作用研究，并采用变量替换的方法进行了稳健性检验；最后，对我国东部、中部、西部地区分区域开展了政府支持对高技术产业绿色创新效率影响作用的回归分析，以及对政府支持内部作用机制的考查。研究结果表明：1）2009—2020年我国高技术产业绿色创新效率均值从0.511提升至0.611，呈现出逐步上升趋势，东部地区的绿色技术创新效率高于全国均值，中西部地区相对偏低。依据莫兰指数检验显示，2009—2020年我国高技术产业绿色创新效率在空间权重矩阵下均表现出较强的正空间相关性。2）政府支持与高技术产业绿色创新效率存在着显著的倒U型关系，环境规制、经济效益、外商直接投资等变量均对绿色创新效率具有正面影响。3）政府支持对高技术产业绿色创新效率的影响作用在东部和中西部地区存在着一定差异，需要具体问题具体分析。4）政府支持对绿色创新效率具有信号作用，且与企业研发投入呈现显著的倒U型关系。为了充分发挥政府支持对高技术产业绿色创新效率的促进作用，政府必须根据高技术产业的实际发展情况制定合理的补贴区间，并遵循因地制宜原则，针对不同地区、不同产业、不同生态环境制定切实可行的政府支持政策。